Den kompletten Kinderwagen auf den Ständer zu packen halte ich für ungünstig. Polster und Stoff ziehen selbst mit Abdeckung Feuchtigkeit und sind dann für Babe sicher alles andere als gemütlich.
Ich würde die Liegeschale abnehmen und im Innenraum transportieren, das Gestell ggf. unter einer Fahrradplane auf den Heckträger befestigen.
Die Schale kann dann auch als Bett genutzt werden.
Wenn der Kiwa unbedingt komplett hinten drauf muss würde ich versuchen aus LKW Plane eine passgenaue Abdeckung zu machen. Die Planen können mit Vulkanisierkleber ( teuer aber der hält als einziger ) unter hohem Druck ( ggf. großer Gummihammer und Tapetenkanntenroller ) verklebt werden. Zum verschließen Industrieklettband auf die Plane vulkanisieren.
Je nach größe des Kiwa könnte auch die fertige Hülle Fiamma Cargoback passen.
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Bei all diesen Lösungen müßt ihr aber immer bedenken das die nie zu 100% dicht sind und die Stoffe/Polster alleine durch die Luftfeuchtigkeit, Kondenswasser,.. bei längerer Lagerung unter so einer Abdeckung Stockflecken bekommen oder sogar schimmeln können.